Siga os passos abaixo:

1. Pare o servidor MySql
sudo /etc/init.d/mysql stop

2. Iniciando servidor Mysql em Safe Mode:
Como root do sistema execute o comando
mysqld_safe –skip-grant-tables

3. Logando como root no MySql sem utilizar senha:
mysql –user=root mysql

4. Alterando a senha do root:
update user set Password=PASSWORD(‘sua_senha’) where user=’root’;
flush privileges;
exit;

5.Finalizando:
Reinicie o servidor Mysql e teste o acesso com a senha definida.
sudo /etc/init.d/mysql stop
sudo /etc/init.d/mysql start

Boa implementação a todos.

Fonte: http://vinteum.com/mysql-alterando-a-senha-do-root/

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